バトル版は設置したことがないのでよくわかりませんが、
アイテムデータinc-item-data.cgiの下のほうに、

@@FUNCUPDATE
sub UpdateResetBefore #決算直前の処理(関数名固定)
・・・

sub UpdateResetAfter #決算直後の処理(関数名固定)
{

・・・

という部分があり、決算時に実行させる処理が入っています。このあたりを確認してみてはいかがでしょうか。

バトル版を設置している方に聞いたほうがいいかもしれません。