はじめまして。いろいろな原因が考えられますので、以下に挙げたいと思います。
�@自作ＣＧＩが使えないサーバーである
サーバーでＣＧＩが使えない場合がありますので、ＣＧＩ掲示板やアクセスカウンターなどを自分で設置したことがない場合は確認してみてください。予め用意されているものは使えても、自分で設置することはできない場合もあります。
�AＣＧＩの利用に特別なきまりがある
例えば、infoseekのサーバーではcgi-binフォルダに入れなければならないですし、plalaだと別に申込が必要です。また、あまり見たことはありませんがperlのパスの変更の必要がある場合や、cgiファイルのパーミッション設定を755ではなく704で設定するサーバーもあります。
�Bファイルの文法が間違っている
文末に半角セミコロンが入っていない、全角スペースが変なところで使われているなどの文法ミスがあると正しく動作しません。また、「ソ」「能」など、シフトJISで文字化けする文字が含まれていると、もしかするとうまく動作しないかもしれません。そのような文字がある場合は「\ソ\」のように「\」で囲って見てください。特に、文末で「ソ」が使われていて、「ソ'」となっている場合など、おかしくなるかもしれません。
�CＦＴＰソフトの設定が間違っている
cgiファイルはテキスト(アスキー)モードで転送してください。おそらく、自動で判別される場合はきちんとされていると思います。また、「すべて大文字にして転送」などのようになっていないか確かめましょう。５００エラーだと、大文字になっていることはないと思いますが。

主に以上の理由が考えられますので、いろいろ確認してみてください。