inc-period.cgiの下のほうの以下のあたりが、反乱に関係しているようです。

return if !defined($id2idx{$STATE->{leader}});
my $i=int(15000 - $STATE->{develop} - $STATE->{safety} - rand(2500));
my $ii=int(50000000 - $STATE->{money} - rand(5000000));
return if ($i > 1000)&&($ii > 5000000);
PushLog(2,0,"$BAL_JOB$BAL_NAMEが不穏な動きを見せています。"),return if ($i > 0) && ($ii > 0);
if (rand(100) < 30)
{
$DTevent{rebel}=$NOW_TIME+86400*3;
$STATE->{robinb}=10000;
PushLog(2,0,"$BAL_JOB$BAL_NAMEが街に攻め込み，反乱を起こしました！");
}
else
{
PushLog(2,0,"$BAL_JOB$BAL_NAMEが攻める時機をうかがっているようです。");

いろいろな条件を考慮した上で、最終的に、rand(100) < 30、
つまり、0から100でランダムに決められる数が30以下、すなわち30%の確率で反乱が起きるという設定ですので、これを例えばrand(100) < 3　にすれば反乱が起きる確率は3%になります。

違っていたらすいません。