現物スクリプトを見ていないのでなんともいえないのですが、

預金引き出しの処理においては、
「預金額」「資金」の他に「利息処理」があると思います。
ここに設置されている「げんちゃん街」においては、「決算７回毎に利息５％」という設定があり、
例えば途中決算４回の時に全引き出しを行えば、その途中４回というのがリセットされるのではないかと考えられます。

なお、銀行からの援助を行うのであれば、赤字から脱却できないと当然意味がありませんし、
上限を廃せば今度は利息でまた赤字になり、雪だるま式に利息が増えていくことになってしまいます。
従って、もし行うのであれば、
「上限なし」「利率が低い」援助を行う必要があるでしょう。
・この貸し金は、$DT->{user}->{lowbank}などといったユーザーハッシュを新たに設けて処理するのが最も簡単かと。
・この貸し金は、銀行で借りることが出来ず、援助のみで借りることにするのがバランス的に良いでしょう。