GetRankMessage4にミスがあったため、うまく作動していないようでした。以下のように修正していただければ、50%時も大丈夫かと思います。お手数おかけします。

$bar.=qq|<img src="$IMAGE_URL/r.gif" width="|.( $per2).qq|" height="12">| if $per;
$bar.=qq|<img src="$IMAGE_URL/t.gif" width="|.(50-$per2).qq|" height="12">| if $per!=50 && !$mode;
を
$bar.=qq|<img src="$IMAGE_URL/r.gif" width="|.( $per2).qq|" height="12">| if $per2;
$bar.=qq|<img src="$IMAGE_URL/t.gif" width="|.(50-$per2).qq|" height="12">| if $per2!=50 && !$mode;
とする。(行末のperをper2にする)

複数荘園のソースを見ました。
$DT->{_seed}->{"time$i}という部分を、
$DT->{$_seed}->{"time$i"}
としてはいかがでしょうか。数箇所すべてをこれに変えるとうまくいくかもしれません。