はじめまして。書き込みありがとうございます。
どこに表示させるのがよいかわかりませんが、
とりあえず「まだ船団が帰ってくる気配はないようだ」のメッセージのあとに時間を表示することは可能です。

inc-item-data.cgiの探検、貿易、武装船団の
$ret.="もう少し気長に待ってみよう。</tr></table>";
の部分を
$ret.="あと".int(($subdata[0] - $main::NOW_TIME)/3600)."時間くらい待ってみよう。</tr></table>";
に変えると時間が表示されます。

倉庫で表示するには、stock.cgiを編集します。

$ITEM[$no]->{name}.="（出港中）" if -e(GetPath($SUBDATA_DIR,$DT->{id}."-exp".$no));
の部分を、
main::RequireFile('inc-sea.cgi');
my @subdata=main::ReadSeaSub("$DT->{id}-exp$no");

my $t = int(($subdata[0] - $main::NOW_TIME)/3600);
$t = 0 if ($main::NOW_TIME > $subdata[0]);

$ITEM[$no]->{name}.="（帰還まで".$t."時間）" if -e(GetPath($SUBDATA_DIR,$DT->{id}."-exp".$no));

とすると、(出港中)の代わりに(帰還まで10時間)などと出ます。既に着いているときは(帰還まで0時間)を表示します。

この辺だと思います。