何か設定の変更はされているでしょうか。
設定によってはマイナスになるかもしれませんし、バグかもしれません。設定変更をされている場合は、ソースの設定部分を貼り付けていただけると、原因がわかるかもしれません。
よろしくお願いします。

@@EVENT
start 200%
code gettime
info 時間援助
startfunc _local_

$EXPIRE_TIME2 = 3600*24*4; # 最終ログインから何日まで、援助を続けるか。初期は「4」
$NOW_TIME=time();

$money_li = 60*60*36; # 時間がいくら以下で援助するか。初期は「60*60*24」
$day_li = 14; # 開店何日まで時間援助をするか。
$money_max = 60*60*20; # １回の最大援助時間。
$money_de = 60*60*18; # １回の援助時間。


foreach(reverse(@DT))
{
if (((time() - $_->{time}) < $money_li)&&(($_->{lastlogin}+$EXPIRE_TIME2) > $NOW_TIME)&&(int(($NOW_TIME-$_->{foundation})/3600/24) < ($day_li + 1))) {

$money = int(($money_de - (time() - $_->{time}))/3600)*3600;

$money = $money_max if ($money > $money_max);

$_->{time}-=$money;

return (0,$_->{shopname}.'へ'.int($money / 3600).'時間の時間援助がなされました');
}

}
return 0;
_local_

上記のように設定しています。
なにかお分かりになられましたら　教えてください。
それではよろしくお願いしますm(_ _)m

説明不足でしたが、$money_deは$money_liよりも大きな値でないと、援助額がマイナスになる場合があるようです。この場合は、money_deは60*60*36よりも大きな値を指定してください。
よろしくお願いします。

こちらに載せていただいたとおりに設定を変えてみました。
　
　GEN様　わかりやすい説明ありがとうございました。